Да, в отдельных случаях выполнение программных работ вне официального дилера может повлиять на действие заводской (официальной) гарантии.
Вопрос сохранения или утраты гарантии зависит от условий конкретного производителя и дилера и находится в зоне ответственности владельца транспортного средства.